20th Century Boys Iii - Het jaar is 2017, 3 jaar sinds Tomodachi met zijn partij de FDP de macht greep. Er brak een virus uit in Tokyo en de regering bouwt een muur om de stad in quarantaine te leggen. Tomodachi voorspelt dat op 12 augustus om 12:00 uur het menselijke ras zal worden vernietigd door buitenaardse krachten en dat de enige die het zullen overleven de aanhangers van de FDP zijn. Het verzet zet zijn strijd tegen de FDP voort, Otcho komt er achter dat Kanna zich gesplitst heeft van de groep van Yoshitsune. Kanna is van plan een radicalere groep binnen het verzet op te zetten die zich zwaar bewapend. Ondertussen treedt Kenji Tokyo binnen.